Geologai daugybėje vietų yra pragręžę ledynų suneštą dangą ir įsitikinę, kad po ja iki užslenkant ledynams, apytikriai prieš milijoną metų ir dar seniau, čia taip pat tekėjo upės, dabar proupėmis vadinamos. Taip buvo rasti ir Pronemunis, Pronerė. Dauguma upių anuomet tekėjo net maždaug tomis pačiomis vietomis, tomis pačiomis linkmėmis, į tą pačią ikiledlaikinę jūrą.
Dabartinis Nemunas susidarė musų kraštui nuledėjant
Tas vietas, kur yra Nemuno aukštupys, ledynai paskutinį kartą dengė daugiau nei prieš 100 tūkst. metų. Jiems tirpstant, pakraščiais kaupėsi vandenys, kurių perteklius tekėjo į vakarus — į Vyslos slėnį ir toliau. Ir negreit, dar labai negreit, jau po to, kai buvo sukrautas pietryčių Lietuvoje Baltiškasis kalvynas, o ledyno pakraštys pagaliau ir jį paliko toldamas šiaurėn, Nemuno vandenys pasuko dabartine vaga link Baltijos krantų, mat, ledynams nutirpus, atsivėrė laisvas kelias į vakarus, tiesiai į jūrą. Be to, nuledėjusi Nemuno aukštupio teritorija iš lėto kilo, žemės paviršius tarsi pūtėsi, susidarė nuolydis į jūros pusę ir tenai, skersai aukštumų, pasuko senųjų Nemuno ir Neries aukštupių vandenys. Į juos nuo dar tirpstančio kiek šiauriau ledyno pakraščio įtekėjo keli didesni vandens srautai, pamažėle išgilinę slėnius Šventosios, Nevėžio, Dubysos, Minijos upėms. Taip atsirado Nemuno upynas.
Nemunas dalijamas į tris atkarpas
Aukštupį, vidurupį ir žemupį.
- Aukštupys — nuo versmių iki Gardino aukštumų. Tai seniausia upės dalis. Klonis platus, erdvus, nuožulniais šlaitais, tėkmė lėta, srovės kritimas nežymus. Čia upė daugiausia rytų — vakarų linkmės, sukinėjasi, plačiai kilpinėja, nes teka buvusio prieledyninio ežero dugnu.
- Vidurupis — apytikriai nuo Gardino iki Kauno marių, yra jaunesnis. Klonis, skrodžiantis kalvotas paskutinio apledėjimo aukštumas, gilus, stačiašlaitis. Tėkmė nukrypusi į šiaurę, vaga nuolydesnė, vietomis krenta po 70 cm kas kilometrą. Dugne pasitaiko išplautų riedulių, kai kur yra nedidelių slenksčių. Didesnių rėvų apie dešimt.
- Žemupys — jauniausia Nemuno dalis. Palei vagą čia plyti lygumos, taigi ir upės nuolydis nedidelis, apie 15 — 20 cm kas kilometrą. Tėkmė vakarų linkmės, lėta. Čia nuguldoma nemažai sąnašų. Tiesa, paskutiniu metu iš sraunoko vidurupio su nešmenimis nusileidę vandenys sustoja Kauno mariose, aprimsta ir čia palieka neštąsias drumzles, mūsų upių upelių tėvas tikrai jaunas, mat Žemupys trumpesnis ir už aukštupį, ir už vidurupį: aukštupys – 400 km., vidurupis – 300 km., žemupys 200 km. Tai rodo, kad mūsų upių upelių tėvas tikrai jaunas, mat senųjų pasaulio upių žemupiai ir vidurupiai ilgi, o aukštupiai visai trumpi belikę.
Upės keitimasis aukštupyje, vidurupyje ir žemupyje šiek tiek primena žmogaus gyvenimą.
Aukštupio kilometrai — tai jaunystės metai: sraunu, vingiuota, žaisminga, tyra…
Vidurupis — energingas ir toks darbus, kad net aukštumas pragraužia. Jo grožis — tai nuveiktas darbas, išgilinti skardžiai ir terasos.
Žemupys — brandos, o galop ir senatvės žingsniai: lėti, mąslūs, aiškūs. Upė ką nešusi palieka ir galiausiai savo vandenų tėkmę atiduoda jūrai.
